Bactériologie

Équipe


Pr Geneviève Héry-Arnaud, Professeure des Universités et Praticien Hospitalier (
responsable)
Dr Clémence Beauruelle, Maître de Conférence des Universités et Praticien Hospitalier
Dr Claudie Lamoureux, Assistante Hospitalo-Universitaire
Dr Hervé Le Bars, Praticien Hospitalier
Dr Didier Tandé, Praticien Hospitalier*


Organisation


L’unité comporte 4 secteurs :

  • Bactériologie conventionnelle (examen direct à partir des frottis, cytologie, culture
  • bactériologique, réalisation des antibiogrammes, étude des CMI)
  • Bactériologie moléculaire de routine (qPCR, séquençage Sanger, panels syndromiques)
  • Métagénomique clinique (séquençage haut débit)
  • Mycobactériologie (laboratoire NSB3) et test IGRA

 

Mission

  • Diagnostic. L’Unité de Bactériologie est accréditée par le COFRAC selon la norme ISO 15189 pour assurer (1) le diagnostic et le suivi des infections bactériennes à partir de tous les types de prélèvements biologiques (2) l’étude des résistances bactériennes aux antibiotiques (3) le conseil auprès des cliniciens et des équipes médicales.

 

  • Surveillance et alerte sanitaire. Dans le cadre de cette mission, l’unité de Bactériologie assure le dépistage des bactéries multirésistantes (BMR) et/ou à haut risque épidémique (BHRe), la déclaration des maladies à déclaration obligatoire bactériennes (exemple : la tuberculose), la transmission des souches aux CNR pour la surveillance épidémiologique nationale, l’alerte sur l’émergence de pathogènes et/ou de résistances aux antibiotiques.

 

  • Secteurs d’excellence et veille technologique. Les secteurs d’excellence du laboratoire de Bactériologie (dossier de laboratoire de référence en cours d’instruction) sont les suivants :

- Antibiologie (expertise sur l’étude des résistances aux antibiotiques et le décryptage des mécanismes de résistance)

- Mucoviscidose et maladies respiratoires chroniques : en lien avec le CRCM de Roscoff et le Service de Pneumologie.

- Tuberculose et autres mycobactérioses : en lien avec le CLAT

- Infections ostéo-articulaires complexes : en lien avec le CRIOGO

- Métagénomique clinique pour le diagnostic des infections complexes : en lien avec le

 -Service de Maladie Infectieuse et Infections Tropicales et le Centre Brestois d’Analyse du Microbiote

- Transplantation de Microbiote Fécal : en lien avec le Groupe Brestois de Transplantation Fécale

  • Formation. L’unité de Bactériologie accueille durant toute l’année des internes (DES de Biologie Médicale, DES de Maladies Infectieuses), des externes de médecine, des stagiaires des IUT et BTS.
Bactéries

Equipement

Le laboratoire de Bactériologie est au niveau de sécurité biologique de classe 2 dans toutes
les pièces et comporte également un secteur de classe 3 pour le diagnostic de la tuberculose
et autres agents biologiques de classe 3 (https://www.legifrance.gouv.fr/jorf/id/JORFTEXT000044454319).


Le laboratoire dispose notamment d’un spectromètre de masse MALDI-TOF (Bruker
Daltonics®), deux plateformes d’étude des résistances bactériennes SIRSCAN ORION (I2A®)
et Microscan (Siemens®), une plateforme de bactériologie moléculaire BD MAX (BD®), des
instruments BD Bactec FX (400 et 40) et MGIT (BD®) pour l’incubation des hémocultures et
la détection de la croissance bactérienne.

 

Recherche

  • Recherche clinique. L’unité de Bactériologie émarge dans l’axe de recherche hospitalier reconnu par l’HCERES « Axe Génomique » (Pr Cédric Le Maréchal). Par ailleurs, l’unité de Bactériologie travaille en partenariat étroit avec le Centre Brestois d’Analyse du Microbiote (CBAM), centre d’analyse dépendant de la DRCI, dirigé par le Pr Geneviève Héry-Arnaud, et dévolu à l’intégration des données du microbiote dans les projets de recherche clinique du CHU de Brest. Enfin, les bactériologues de l’unité sont investis dans la recherche bioclinique en tant que coordonnateurs d’études.

 

- Un PHRC-I BEACH-MUCOthèque (2019-2025 ; P.I. G. Héry-Arnaud) : portant sur les biomarqueurs prédictifs de l’infection à P. aeruginosa dans la mucoviscidose (BEACH study, # NCT03947957).

- Une étude prospective (2016-2025 ; P.I. G. Héry-Arnaud) de suivi de la cohorte nationale des patients atteints de mucoviscidose pour le suivi des infections à mycobactéries non tuberculeuses (CIMeNT study, #NCT03312075) financée par Vaincre la Mucoviscidose et la Société Française de Microbiologie, et impliquant le Registre Français de la Mucoviscidose (plateforme EpiMuco).

- Un PHRC-I METAGENOS (2022-2024 ; P.I. C. Lamoureux) portant sur le diagnostic des infections ostéo-articulaires complexes par métagénomique, projet en lien avec le CRIOGO.

 

  • Recherche fondamentale. L’unité de Bactériologie est rattachée à l’unité INSERM UMR 1078 « Génétique, Génomique fonctionnelle et Biotechnologies » dirigée par le Dr Emmanuelle Génin, unité au sein de laquelle les bactériologues de l’unité s’inscrivent dans la thématique de recherche « Microbiota » (Pr G. Héry-Arnaud). Cet axe de recherche s’attache à améliorer le diagnostic et le traitement des maladies broncho-pulmonaires chroniques (en particulier la mucoviscidose) en identifiant des biomarqueurs issus du microbiote. https://www.univ-brest.fr/umr1078/menu/La_recherche/Themes_de_recherche/Genetique-Moleculaire-Epidemiologie-genetique/Microbiota.cid158685